Микропроцессоры с мультиклеточной
архитектурой способны поддерживать любые операционные системы
(Linux, Windows, Android и т.д.).
Первым этапом для портирования на микропроцессор MULTICLET P1 рассматривались более простые ОС, как например Contici (маленькая, легко портируемая ОС реального времени с графическим интерфейсом, стеком протоколов TСP/IP, web-браузером и web-сервером), RTEMS (надежная ОС реального времени, POSIX совместимая), VxWorks (ОС, ориентированная на использование во встраиваемых компьютерах, работающих в системах жёсткого реального времени) и FreeRTOS.
В качестве первой ОС для мультиклетов была выбрана FreeRTOS - многозадачная ОС реального времени для встраиваемых систем.